La particolarità dell’attuale Chiesa di Santa Maria in Pantano è il luogo in cui è stata edificata: si pensa infatti che fosse proprio quella la zona in cui si sviluppava la Statio ad Martis , ossia una sorta di stazione di posta per fornire alloggi e vitto a coloro che viaggiavano lungo la Via Flaminia.

La statio è ricordata anche negli “Itinera picta” con delle illustrazioni e dei testi, ma oggi, dopo l’edificazione della chiesa, ne rimane ben poco. Sappiamo, tuttavia, che l’abitato si estendeva alle spalle dell’edificio e non era di grandi dimensioni.
La Chiesa, la cui leggenda vuole sia stata edificata nel V secolo dal magister militum Severo sopra i ruderi di un vecchio tempio pagano della Civitas Martana, è accolta nel vano di un edificio tardo imperiale del quale sono ancora visibili le murature laterali in opus reticulatum che ricorre anche nel muro esterno, parallelo alla stessa fiancata.
Più probabilmente la chiesa venne costruita tra il VII e l’VIII secolo aggiungendo la parte presbiteriale e quella abisdale all’edificio romano.

La Chiesa sembra sorgere su un vecchio tempio pagano di cui, ancora oggi si conservano le tracce.