La Chiesa, anch’essa posta fuori le mura di Acquasparta, fu fatta costruire, nel 1294, dal Cardinale Matteo Bentivenga d’Acquasparta, padre generale dei Padri Conventuali. In un antico documento leggiamo: “Nell’anno 1290 era in questa terra in pieno vigore la fede di Gesù Cristo, perché da questa comunità furono qua chiamati i Padri Conventuali…”.

Gli stessi vissero nel Convento costruito intorno alla Chiesa e officiarono la medesima fino alla occupazione napoleonica o, più comunemente detta, del “Governo dei Francesi”. Scacciati i padri francescani la chiesa fu custodita e officiata dal priorato di Acquasparta e il Convento verrà demolito per volontà della famiglia Santini all’indomani della Prima Guerra Mondiale. La stessa vi costruì l’albergo Amerino.
Medesima sorte toccò all’antica Chiesa della SS.ma Trinità, attaccata, nel lato Nord, alla Chiesa di S. Francesco. Rimane, dietro l’abside della chiesa, lato est, il grazioso e piccolo chiostro francescano recentemente riacquistato dal Comune e restaurato. In esso è da ammirare la splendida Sala che un tempo era certamente sede di un ospedale. La medesima è ora una splendida sala per manifestazioni culturali. La chiesa, espressione tipica dell’architettura francescana “povera”, è un esempio assai interessante di quell’arte di transizione dal romanico al gotico.

Si hanno notizie di pregevoli affreschi del XV sec. esistenti un tempo all’interno, affreschi di cui non è stato possibile trovarne tracce.
Sembrerebbe che, prima della Chiesa e del Convento, vi fosse un lebbrosario poi unito al Convento. All’interno vi è una interessante statua lignea rappresentante la Vergine col Figlio in braccio della prima metà del XIV sec., invocata da sempre, dagli acquaspartani, con il titolo di Madonna della Stella.
Di queste statue lignee ve ne sono altre sul nostro territorio, a cominciare da quella conservata in S. Maria in Camucia in Todi, quella di Collazzone, di Castel dell’Aquila.

Da notare la policromia ancora originale, la cui conservazione, forse, fu favorita dai vestiti, assai preziosi, che la ricoprivano fino a qualche decennio fa. Di essi se ne conservano una ventina e il più antico risale alla fine del cinquecento. Assai prezioso è quello donato dalla famiglia Cesi nella seconda metà del XVI sec. L’immagine di questa Madonna compare in tutta la storia di Acquasparta, specialmente in occasione di pestilenze, di terremoti, di guerre.
E’ ad essa che l’intera comunità ha fatto devoto riferimento.

Si conserva, inoltre, una tela francescana copia della celebre tela di Margheritone di Arezzo che si trova in Firenze agli Uffizi e raffigurante S. Francesco e, sui lati, noti episodi della vita del Poverello di Assisi. Da ultimo si deve ricordare l’antichissimo Crocifisso (sec. XIV), portato in questa chiesa da S. Giovanni de Budes nel 1888, a seguito dell’abbandono della stessa, dopo la confisca dei beni, da parte del Regno d’Italia, a danno dei Cavalieri di Malta.
Il crocifisso e la statua della Madonna della Stella sono ora conservati nella chiesa parrocchiale per motivi di sicurezza.